蔡捷恩授研究領域寬廣，主要包括中外醫學交流史（中醫藥在國外）和閩臺地方醫學史，兼及中國文化史。發表論著100餘篇（部），研究屢被引用，多篇論文被**外**文獻所收錄。蔡穎毅、周好整理的《中醫藥之路》一書，涵蓋了上述蔡教授公開發表的醫史研究方面的論文和論著，內容豐富。

足跡（工作生活照）
中醫藥學在歐美繫列
歐洲藥用植物運用簡史
傳統醫學在歐洲
中草藥傳歐述略
中草藥傳意述略
中醫藥傳法述略
中醫藥學在波蘭
中醫藥學在荷蘭、比利時
中醫藥學及傳統醫學在德國
中醫藥學在英國
中醫藥學在美國
中醫藥西傳美國質疑
中醫藥學在東南亞繫列
傳統醫學在泰國
中醫藥學（傳統醫學）在緬甸
中醫藥學在馬來西亞
中醫藥在菲律賓
中醫藥學在越南
新加坡中醫藥概述
傳統醫學在印度尼西亞
閩臺地方醫史醫家繫列
福建古海港與中外醫藥交流
《閩臺醫林人物志》補遺
從醫德看吳夲的崇奉
從道教看吳夲的祀奉
宋代福建醫家楊士瀛
清代福建醫家林祖成及其《會編紀略》——兼答孔慶洛先生
鴉片·林則徐·祖國醫藥學
福建古代醫藥史跡拾要
陳嘉庚提倡衛生關心民瘼二三事
福建省中醫進修學校辦學簡況
陳立夫先生的中醫觀
陳果夫先生的中醫觀
“中醫學是有道理的”——吳大猷先生中醫觀評價
醫史醫家繫列
兩晉南北朝時期的**學（265—589年）
略談葛洪及其對祖國醫學的貢獻
《周易》中的飲水衛生
龜茲、吐蕃與北宋醫藥交往史實舉隅
宋朝禁巫興醫述略
略論李時珍的實踐精神
近代醫家李鐘玨傳略
中國古代的康復醫學
我國少數民族的醫學
中醫藥外傳史
教學研究論文繫列
從中醫學發展史的特點談中醫教育
醫學史研究必須為現實服務
醫學模式轉變與醫學教育