此書卷一、二、三為辨太陽病脈證治法上、中、下篇，卷四、五為辨陽明病脈證治法前、後篇，卷六為辨少陽病脈證治法全篇、辨合病並病脈證，卷七為辨太陰病脈證治法全篇，卷八、九為辨少陰病脈證治法前、後篇，卷十為辨厥陰病脈證治法全篇、辨差後勞復陰陽易病脈證，卷十一為辨溫病風溫脈證、辨霍亂病脈證、辨痰病水病脈證，卷十二為辨痙濕喝病脈證等。篇中諸條文字一遵經文，各篇之首皆發明大意於前，精詳辨注於後，且頗有發揮。

《傷寒論條辨續注》正方
傷寒論條辨續注·卷一
辨太陽病脈證治法上篇
桂枝湯方
五苓散
桃核承氣湯方
抵當湯方
桂枝加附子湯方
桂枝加桂湯方
十棗湯方
桂枝人參湯方
葛根黃連黃芩湯方
桂枝湯去芍藥湯方
桂枝湯去芍藥加附子湯方
桂枝加厚樸杏仁湯方
大陷胸湯方
大陷胸丸
大柴胡湯方
傷寒論條辨續注·卷二
辨太陽病脈證治法中篇
麻黃湯方
茯苓甘草湯方
小建中湯方
芍藥甘草附子湯方
調胃承氣湯方
桂枝新加湯方
麻黃杏仁甘草石膏湯方
桂枝甘草湯方
茯苓桂枝甘草大棗湯
厚樸生姜甘草半夏人參湯方
甘草瀉心湯方
大黃黃連瀉心湯
附子瀉心湯方
半夏瀉心湯方
赤石脂禹餘糧湯方
旋覆代赭石湯方
小陷胸湯方
柴胡加桂枝湯方
柴胡加龍骨牡蠣湯方
干姜附子湯方
茯苓桂枝白術甘草湯方
干姜黃連黃芩湯方
炙甘草湯方
梔子厚樸湯方
梔子干姜湯方
梔子豉湯方
梔子甘草豉湯方
梔子生姜豉湯方
抵當丸方
桂枝附子湯方
桂枝附子去桂枝加白術湯方
甘草附子湯
麻黃連軺赤小豆湯方
茵陳蒿湯方
梔子柏皮湯方
柴胡加芒硝湯方
傷寒論條辨續注·卷三
辨太陽病脈證治法下篇
大青龍湯方
桂枝麻黃各半湯方
桂枝二越婢一湯方
桂枝二麻黃一湯方
桂枝去桂加茯苓白術湯
桂枝去芍藥加蜀漆龍骨牡蠣救逆湯方
桂枝甘草龍骨牡蠣湯方
甘草干姜湯方
芍藥甘草湯方
茯苓四逆湯
小青龍湯方
白虎湯方
白虎加人參湯方
黃連湯方
傷寒論條辨續注·卷四
辨陽明病脈證治法前篇
桂枝加葛根湯方
葛根湯方
小承氣湯方
吳茱萸湯方
豬苓湯方
傷寒論條辨續注·卷五
辨陽明病脈證治法後篇
蜜煎導方
豬膽汁方
大承氣湯方
麻仁丸方
傷寒論條辨續注·卷六
辨少陽病脈證治法全篇
小柴胡湯方
柴胡桂枝干姜湯方
辨合病並病脈證治法
葛根加半夏湯方
黃芩湯方
黃芩加半夏生姜湯方
傷寒論條辨續注·卷七
辨太陰病脈證治法全篇
桂枝加芍藥湯方
桂枝加大黃湯方
傷寒論條辨續注·卷八
辨少陰病脈證治法前篇
麻黃附子細辛湯方
麻黃附子甘草湯方
附子湯方
四逆湯方
白通湯方
白通加豬膽汁湯方
真武湯方
通脈四逆湯方
傷寒論條辨續注·卷九
辨少陰病脈證治法後篇
黃連阿膠湯方
豬膚湯方
甘草湯方
桔梗湯方
半夏散及湯方
苦酒湯方
四逆散方
桃花湯方
傷寒論條辨續注·卷十
辨厥陰病脈證治法全篇
當歸四逆湯方
當歸四逆加吳茱萸生姜湯方
烏梅丸方
麻黃升麻湯方
白頭翁湯方
辨差後勞復、陰陽易病脈證治法
枳實梔子豉湯方
牡蠣澤瀉散方
竹葉石膏湯方
燒棍散方
傷寒論條辨續注·卷十一
辨溫熱病脈證治法
辨霍亂病脈證治法
理中圓方
四逆加人參湯方
辨痰病水病脈證治法
瓜蒂散方
文蛤散方
白散方
傷寒論條辨續注·卷十二
辨痙濕喝脈證治法
附：《金匱》栝蔞桂枝湯方
辨濕病脈證治法
辨喝病脈證治法
附：《金匱》一物瓜蒂湯方
附：《傷寒論條辨續注》十二卷提要