本書共分8章，每章圍繞一個主題展開。第一章介紹東山珊瑚自然保護區的總體情況，包括保護區的海洋環境、東山珊瑚的特色、主要威脅與保護；第二章介紹東山珊瑚礁保護區的自然環境，包括了保護區的地理位置及地質地貌、海洋氣像與水文環境等；第三章論述東山的海洋理化環境狀況、污染情況與水環境質量的調查、評價等；第四章全面闡述東山縣周邊海域的石珊瑚種類、資源及其分布；第五章闡述東山海域的其他生物資源及其分布，包括獲得的浮遊植物與浮遊動物的調查結果，以揭示該保護區內豐富的浮遊生物類群及其多樣性，綜述了該區的潮間帶生物與底棲生物資源；第六章展示出該區柳珊瑚物種資源的豐富性和生態多樣性；第七章，重點介紹東山造礁石珊瑚的共生藻及其遺傳多樣性；第八章介紹東山珊瑚的保護、管理與規劃。

第一章 總論
第一節 東山珊瑚省級自然保護區的一般情況
第二節 東山珊瑚的特色
第三節 東山珊瑚生態繫統的生物多樣性
第四節 東山珊瑚受到的威脅與保護
第二章 東山自然保護區的自然環境
第一節 地理位置及地質地貌
第二節 海洋氣候與水文
第三章 保護區的主要海洋環境因素
第一節 珊瑚保護區的理化環境
第二節 珊瑚保護區的水環境質量調查與評價
第三節 污染源來源調查
第四節 結論與采取措施
第四章 保護區的珊瑚資源
第一節 珊瑚資源調查的內容和方法
第二節 調查結果
第五章 保護區的其他生物資源
第一節 浮遊植物
第二節 浮遊動物種類及其分布
第三節 潮間帶生物
第四節 底棲生物
第六章 東山灣海域柳珊瑚的物種多樣性及其分布
第一節 材料與方法
第二節 結果
第三節 討論
第七章 東山灣造礁石珊瑚共生藻的分類和遺傳多樣性
第一節 材料與方法
第二節 結果
第三節 討論及結論
第八章 東山珊瑚自然保護區的保護與管理
第一節 東山珊瑚自然保護區概況
第二節 東山珊瑚自然保護區的保護和管理規劃
參考文獻