中華人民共和國水利部成立於1949年10月。1958年2月11日屆全國人大第五次會議決定撤銷電力工業部和水利工業部，設水利電力部；1979年2月23日第五屆全國人大第六次會議決定撤銷水利電力部，分別設水利部和電力工業部；1982年機構改革將水利部和電力工業部合並設水利電力部；1988年4月，七屆人大一次會議通過了國務院機構改革方案，確定成立水利部。水利部於1988年7月22日重新組建。