食用菌（尤其是藥用菌）采用深層發酵培養是工廠化生產的一大優勢。深層發酵（也稱液體發酵）培養的設備主要是搖床和發酵罐。深層發酵培養具有生產周期短、產量高等特點，一般隻需7～10天便可獲得大量產品——發酵產物菌絲球（亦稱菌質）。特別適合那些難以栽培或不需子實體的藥用珍稀名優菇菌的生產。
嚴澤湘主編的《菇菌工廠化生產新技術》中介紹了靈芝、槐栓菌、鼕蟲夏草等菇菌深層發酵培養法，以供參考。

嚴澤湘主編的《菇菌工廠化生產新技術》介紹了 食用菌工廠化生產的研究成果和栽培技術，並介紹了 部分食用菌固體發酵和深層發酵技術，是目前少見的 最新技術。本書適合具備一定生產條件的生產廠家使 用，也可作為職業技術院校相關專業培訓此類人纔的 教輔材料。

一、食用菌工廠化生產問題的探討
二、食用菌工廠化生產智能控制繫統的利用
三、食用菌工廠化生產技術的改進與建議
四、食用菌工廠化生產成功的要素
五、寧夏食用菌小型工廠化生產技術
六、金針菇工廠化生產技術
七、袋栽白色金針菇工廠化生產技術
八、雞腿菇工廠化生產技術
九、真姬菇工廠化生產技術
十、平菇仿工廠化生產技術
十一、阿魏菇工廠化生產技術
十二、靈芝深層發酵培養法
十三、雲芝液體發酵培養法
十四、雲芝固體發酵培養法
十五、猴頭菇深層發酵培養法
十六、蓮花菌深層發酵培養法
十七、榆耳液體發酵培養法
十八、金耳深層發酵培養法
十九、蜜環菌固體發酵培養法
二十、蜜環菌深層發酵培養法
二十一、銀耳孢子深層發酵培養法
二十二、香菇深層發酵培養法
二十三、金針菇深層發酵培養法
二十四、槐栓菌固體發酵培養法
二十五、裂褶菌深層發酵培養法
二十六、白僵菌深層發酵培養法
二十七、竹黃菌深層發酵培養法
二十八、麥角菌深層發酵培養法
二十九、雞樅菌深層發酵培養法
三十、鼕蟲夏草液體發酵培養法
參考文獻