彭仁海、劉震、劉玉玲著的《生物信息學實踐》
介紹生物信息學平臺搭建和常用基礎軟件的安裝與運
行，使讀者能夠配置自己的生物信息學分析環境；通
過介紹計算機輔助藥物設計和基因組重復序列分析等
內容使讀者熟悉生物信息學分析的一般策略。著重講
解生物信息學分析過程中常見問題的解決方法，在確
保操作步驟完整的基礎上盡量精簡，力求幫助使讀者
在*短的時間內掌握知識和能勝任該方面工作。

第一章 生物信息學分析基礎工具與平臺配置
第一節 文本編輯器
一、常用的文本編輯器
二、UltraEdit
三、Vi編輯器
第二節 Linux繫統基礎
一、軟件安裝
二、PATH路徑設置
三、**Linux命令
四、Linux繫統的輸出重定向與管道
五、中文版Linux改為英文版
六、開啟FTP服務
第三節 生物信息學實驗室局域網
一、生物信息學局域網實例
二、遠程登錄
第四節 Windows繫統下構建本地BLAST
一、BLAST的下載安裝
二、Blast的使用
三、實例講解
參考文獻
第二章 生物信息數據庫的使用與構建
第一節 NCBI數據庫資源
NCBI數據庫檢索
第二節 數據存儲格式
一、FASTA格式
二、FASTQ格式
三、Genebank格式
四、EMBL格式
五、采用XML實現生物數據庫的整合
第三節 的生物信息學數據庫
第四節 生物信息學數據庫的構建方法
一、Apache的安裝與啟動
二、MySQL的安裝與配置
三、PHP的安裝與配置
四、不能安裝的情況
五、利用Windows Server搭建數據庫服務器
參考文獻
第三章 基於蛋白質結構的計算機輔助藥物設計
第一節 蛋白質二級結構
一、α螺旋
二、β片層
三、β轉角
四、蛋白質二級結構預測
第二節 蛋白質結構數據庫及其檢索
一、PDB數據庫檢索
二、蛋白質結構數據的存儲格式
三、蛋白質結構可視化
第三節 蛋白質結構的預測
一、**蛋白質結構預測技術評估大賽(CASP)
二、利用SWISSMODEL預測蛋白質的三級結構
第四節 分子對接工具Autodock
一、Autodock程序的安裝
二、小分子的來源和處理
三、大分子的處理
四、兩個參數文件（gpf和dpf）的設置
五、結果的處理
第五節 分子模擬原理與工具
一、分子模擬的主要方法
二、分子模擬常見工具
第六節 分子動力學模擬工具Amber
一、生成小分子模板
二、處理蛋白質文件
三、生成拓撲文件和坐標文件
四、能量優化
五、LEAP使用
六、MD過程
七、VMD的使用
八、觀看並保存圖像的步驟
九、RMS計算
十、結果數據處理
參考文獻
第四章 轉座子的生物信息學分析
第一節 轉座子的分類
一、分類級別
二、自主與非自主轉座子
三、轉座子的命名
四、轉座子的生物信息學分析
五、重復序列挖掘工具
第二節 RepeatMasker和RepeatModeler
一、RepeatMasker的安裝
二、RepeatModeler的安裝
三、RepeatMasker的操作
四、RepeatMasker搜索的過程
五、兩個Perl程序
六、聯合多個重復序列數據庫
七、RepeatMasker的其他參數
八、Out結果文件
九、RepeatModeler的使用
第三節 LTRharvest
第四節 序列去冗餘
第五節 Circos繪圖
一、Circos的安裝
二、Circos的顏色
三、圖像分析
四、核型文件
五、ideogram標簽
六、連接
七、圖像輸出
八、直方圖
九、Highlights圖
十、容易出現的問題
參考文獻
第五章 生物信息學資源
第一節 網絡資源
一、在線工具鏈接Expasy
二、常用生物軟件分類與下載
三、生物信息學中文論壇
第二節 期刊與機構
一、生物信息學期刊
二、生物信息學機構
第三節 在線小工具
一、開放閱讀框查找工具ORF Finder
二、繪制GO注釋結果
三、蛋白質組成和穩定性分析ProtParam
四、啟動子區預測工具Promoter
五、序列logo
六、蛋白質序列綜合分析工具PredictProte
七、信號肽
八、比較分析圖繪制工具VENNY
第四節 生物信息學分析軟件
一、EMBOSS
二、EMBOSS運行示例
三、綜合序列分析軟件DNAstar
四、分子生物學常用工具簡介
參考文獻
第六章 分子進化
第一節 分子進化基礎
一、構建進化樹的算法
二、進化樹格式
三、進化樹的圖形顯示
四、進化軟件
第二節 通過phylip構建進化樹
一、準備
二、通過Clustal將Fasta格式的序列進行比對並保存為phy格式
三、使用seqboot設置重復數量
四、通過似然法計算進化樹
五、構建一致樹
六、圖片制作
參考文獻
第七章 生物信息學編程基礎
第一節 Perl語言
一、CPAN
二、正則表達式
三、Bioperl的安裝
第二節 統計語言
一、R語言
二、其他統計分析工具
參考文獻
附錄一 生物信息學常用詞彙表一
附錄二 生物信息學常用詞彙表二