將這四部書合為一書，始於朱熹的《四書章句集注》。在編排次序上，首列《大學》，次列《論語》和《孟子》，*後列《中庸》。他的意圖是要人先讀《大學》，以定其規模；次讀《論語》，以立其根本；次讀《孟子》，觀其發越；次讀《中庸》，以求古人微妙之處。《大學》被朱熹視為修身治人的規模和為學的綱目。他說：“先讀《大學》，立其綱領，其他經皆雜說在裡許。通得《大學》了，去看他經，方見得此是格物知事，此是正心誠意事，此是修身事，此是齊家、治國、平天下事。”對於《中庸》，朱熹認為它是孔門傳授心法的經典，並引用程頤的話，說“這本書一開始說的是一個道理，中途便散為萬事萬物的道理，到了末尾又合為一個道理。把它放開，和所有的事物都是相通的，將它收回來看，它又是那麼神秘。”由此不難看出，朱熹把《大學》視為理學的綱領，而把《中庸》視為理學的精髓。

此外，朱熹認為《論語》和《孟子》也是一定要讀的，“以探其本”。他說：“學者之要務，反求諸己而已。反求諸己，別無要妙，《語》、《孟》二書，精之熟之，求見聖賢所以用意處，佩服而力持之可也。”這不僅進一步鞏固了《論語》的地位，而且進一步提高了《孟子》的地位。對於孔孟形像及其精神的重塑與發揮、對中國傳統文化的彙聚和提煉，朱熹的功勞不可磨滅。《四書章句集注》就是他重塑孔孟形像、發揮儒家精神、宣傳理學道義的*簡要、*普及、***的一部教科書。因此，有人說它的地位幾乎和歐美的《聖經》、阿拉伯**的《古蘭經》相等。

朱熹幾乎用了畢生精力研究“四書”。他在34歲時寫成了《論語要義》，10年後又寫四書章句集注成《論語正義》，之後又寫《論語集注》、《孟子集注》、《論語或問》、《孟子或問》。60歲時，他撰寫《大學章句》、《中庸章句》，之後還寫了《大學或問》、《中庸或問》。他在臨死前三日還修改《大學·誠意章》的注釋。“四書”經過他的反復研究，頗為完整，條理貫通，無所不備。“四書”在南宋以後之所以能代替“五經”的**，與朱熹的努力是分不開的。

在注釋方式上，朱熹不同於漢唐學者的作風。漢唐學者注釋，注重經書的原本，文字的訓詁和名物的考證分量很重，做法繁瑣。朱熹注釋則注重闡發“四書”中的義理，並往往加以引申和發揮，其意已超出“四書”之外。總之，朱熹注釋“四書”，目的不僅僅是整理和規範儒家思想，宣揚和貫徹儒家精神，其*主要的目的是把“四書”納入到自己的理學軌道，用“四書”中的哲理作為構造自己整個思想體繫的間架。從這個意義上說，《四書章句集注》不僅是儒家學說的大成，而且是朱熹儒學體繫的基礎。