第一章 Perl語言簡介
第一節 Perl語言基本知識
一、Perl語言歷史
二、不同操作繫統下的Perl語言
三、Perl語言的特點及其在生物信息學中的應用
第二節 Perl語言環境的安裝和Perl代碼的運行
一、安裝Perl
二、運行Perl
三、Perl內建文檔的查看
第二章 Perl的語法與運行控制
第一節 Perl語言的基本單位
第二節 Perl語言數據類型及數據的書寫規則
一、直接量
二、變量
三、Perl語法基本規則
第三節 用戶交互與分支控制結構
第四節 循環控制結構
一、while循環控制結構
二、for循環控制結構
三、循環的嵌套
第五節 Perl代碼的調試（語法分析）
第三章 數組和列表
第一節 數組與列表概述
一、數組及其元素的命名規則
二、列表與數組的賦值
三、數組的定義方法
四、數組元素的增加和減少操作（pop、push、shift、unshift）
五、其他數組和列表相關操作（<>、chomp、chop、reverse、sort）
第二節 用foreach循環遍歷數組
第三節 Perl語言的上下文
第四節 函數基本知識及map和grep函數
一、函數基本知識
二、利用map、grep函數*簡單地處理數組
第五節 Perl代碼的調試（用print檢驗數據）
第四章 正則表達式、匹配、替換和翻譯
第一節 正則表達式
一、正則表達式的基本字符單元
二、字符單元的特征描述
三、正則表達式中的邏輯關繫符
四、正則表達式中的優先權和變量內插
第二節 匹配
一、正則表達式的匹配過程
二、量詞的貪婪模式和非貪婪模式
三、匹配內容的捕獲和匹配過程中反向引用
第三節 替換和翻譯
一、替換
二、翻譯
第四節 split和join函數
第五章 自定義函數和數據輸入輸出
第一節 自定義函數的定義和調用