雞新城疫（Newcastle Disease，ND）是由新城
疫病毒（Newcastle Disease Virus，NDV）引起的
一種以呼吸道、消化道粘膜出血為特征的高度接觸性
、急性敗血性禽類傳染病，被世界動物衛生組織列為
危害養禽業的法定報告動物傳染病。NDV對宿主的感
染、致病很大程度上是病毒因素和宿主因素相互作用
的結果。近年來研究顯示NDV感染宿主範圍不斷擴大
，不同來源的病毒毒力呈現明顯增強的趨勢，但不同
來源NDV對宿主感染的致病機制差異尚不清楚，值得
進一步探討。基於此，高詩敏編著的《雞鴨源NDV感
染細胞表達譜和蛋白組學分析》根據NDV不同的生物
學特性，篩選出雞源NDV-GM和鴨源NDV-YC2株做為研
究毒株，建立了NDV感染雞胚成纖維細胞模型；在此
基礎上，應用基於Solexa / Illumina繫統的數字化
表達譜（DGE）測序方法，從mRNA水平研究雞源、鴨
源NDV感染宿主細胞後基因表達譜變化；應用iTRAQ方
法從蛋白質水平研究雞源、鴨源NDV感染宿主細胞後
病毒編碼蛋白與宿主細胞蛋白表達的變化。

第一章 前言
1.1 研究背景
1.1.1 新城疫病毒及新城疫研究進展
1.1.2 基因表達譜研究進展
1.1.3 蛋白質組學在獸醫學科中的應用
1.1.3.1 蛋白質組和蛋白質組學
1.1.3.2 比較蛋白質組學的研究內容
1.1.3.3 蛋白質組學研究的相關技術
1.1.3.4 比較蛋白質組學
1.1.3.5 生物信息學分析
1.1.3.6 比較蛋白質組學技術在動物疾病中的應用
1.1.3.7 展望
1.2 研究目的及意義
1.3 研究技術路線
1.3.1 雞源、鴨源新城疫病毒的篩選
1.3.1.1 克隆純化新城疫病毒
1.3.1.2 測序新城疫病毒F基因和H基因並分析
1.3.1.3 新城疫病毒致病性實驗
1.3.2 數字化表達譜
1.3.2.1 病毒感染細胞總RNA的抽提
1.3.2.2 mRNA3’端標記
1.3.2.3 基於Solexa／Illumina繫統的高通量測序
1.3.2.4 生物信息學分析感染細胞全基因表達譜差異
1.3.3 iTRAO比較蛋白質組學
1.3.3.1 病毒感染細胞總蛋白抽提
1.3.3.2 蛋白定量和SDS凝膠電泳分析
1.3.3.3 iTRAQ蛋白質組學鋻定
1.3.3.4 生物信息學分析和差異表達點功能分析
第二章 雞源NDV-GM和鴨源NDV-YC感染細胞後蛋白質組學研究
2.1 引言
2.2 材料與方法
2.2.1 材料
2.2.1.1 毒株、細胞和動物
2.2.1.2 主要材料
2.2.1.3 主要儀器
2.2.1.4 主要生物學軟件
2.2.2 方法
2.2.2.1 病毒的分離純化
2.2.2.2 RT-PCR方法擴增病毒的F基因和HN基因
2.2.2.3 F基因和HN基因序列及進化樹分析
2.2.2.4 病毒的生物學指標測定
2.2.2.5 NDV-GM和NDV-YC細胞致病性實驗
2.2.2.6 NDV-GM和NDV-YC動物致病性實驗
2.3 結果與分析
2.3.1 F基因和HN基因片段的擴增
2.3.2 F基因和HN基因序列分析和進化樹分析
2.3.3 病毒的生物學指標
2.3.4 病毒的細胞致病性實驗結果
2.3.5 病毒的體外動物致病性實驗結果
2.4 小結
第三章 雞源NDV-GM和鴨源NDV-YC感染DF-1細胞後的數字化表達譜分析
3.1 引言
3.2 材料與方法
3.2.1 材料
3.2.1.1 病毒、細胞和酶
3.2.1.2 試劑
3.2.1.3 儀器、設備和軟件
3.2.2 方法
3.2.2.1 樣品的收集
3.2.2.2 樣品總RNA質量檢測
3.2.2.3 測序樣品制備
3.2.2.4 信息分析流程
3.3 結果與分析
3.3.1 樣品檢測
3.3.2 生物信息學分析
3.3.2.1 數字化表達譜DGE文庫分析
3.3.2.2 差異表達基因的鋻定(DGES)
3.3.2.3 差異基因表達模式聚類分析
3.3.2.4 GO分析
3.3.2.5 Pathway分析
3.4 小結
第四章 雞源NDV-GM和鴨源NDV-YC感染細胞後蛋白質組學研究
4.1 引言
4.2 材料與方法
4.2.1 材料
4.2.1.1 病毒、細胞和抗體
4.2.1.2 試劑
4.2.1.3 儀器設備
4.2.2 方法
4.2.2.1 CEF細胞的制備
4.2.2.2 蛋白質提取
4.2.2.3 蛋白質定量
4.2.2.4 酶解
4.2.2.5 標記
4.2.2.6 液相分離
4.2.2.7 液相串聯質譜分析
4.2.2.8 Westernblot驗證
4.3 結果與分析
4.3.1 蛋白質定量
4.3.2 蛋白質鋻定質量評估和基本信息
4.3.2.1 蛋白質鋻定質量評估
4.3.2.2 蛋白質鋻定基本信息
4.3.3 蛋白質CO分析
4.3.4 蛋白質COG分析
4.3.5 差異蛋白分析
4.3.5.1 差異蛋白統計
4.3.5.2 差異蛋白GO功能顯著性和Pathway富集分析
4.3.5.3 差異蛋白表達模式聚類分析
4.3.5.4 差異蛋白質的Westernblot鋻定
4.4 小結
第五章 全文討論與結論
5.1 全文討論
5.1.1 2株不同來源新城疫病毒的生物學特征與病毒感染
5.1.2 數字化表達譜和蛋白質組在NDV發病機制中的研究
5.1.3 數字化表達譜和蛋白質組之間的關聯
5.2 全文結論
5.3 論文創新點
5.3.1 研究思路的創新
5.3.2 研究內容的創新
5.3.3 研究方法的創新
致謝
參考文獻
附錄 用iTRAQ鋻定3個樣品的691個蛋白信息表
縮寫詞和中英文對照表