嚴文儒、尹軍主編《董其昌全集》，對傳世董其昌著述文字加以全面繫統地彙集、整理，對各種版本的來源詳加考辯，擇其善者而從之，托名偽作則一概不收。《董其昌全集》收錄董其昌撰述、編著等著作計13種，250萬字。如《容臺集》《學科考略》《論文宗旨》《舉業蓓蕾》《 《畫禪室隨筆》《骨董十三說》《香光隨筆》《董華亭書畫錄》《通鋻集要》《神廟留中奏疏彙要》《玄賞齋書目》等。據董其昌手札、題跋以及書畫著錄等，成《董其昌詩文題跋輯佚》；附錄有關董其昌的《歷代序跋》《傳記資料》《年表》等。延請學有專長的文史專家、書畫研究者，就所收董其昌著作底本精心校點，劃專名線，必要處出以校勘，以便研究者閱讀、引用。《董其昌全集》是研究董其昌詩文、書畫、生平、交遊以及董氏所涉及文史、諸子、禪學等等*為翔實的基礎性資料，也是研究晚明政治、社會生活諸方面的一部綜合性專著。