地球聯邦為人類血統完成融合，制造了一百個“三位一體”——由三個人的基因所合成的人類。其中一位基因提供者是正思，一位是他逃離聯邦前的女友，還有一位是聯邦的“主席”。而制造“三位一體”的目的，就在為“主席”的繼承做預備。 
這一百個“三位一體”在誕生後陸續夭亡，zui後隻剩兩個，其中一個是在地球聯邦無編號記錄的雙頭男孩那由他。這位天生的超能力者，因為畸形而不被允許出現在一般人面前，他之得以生存，是因為統治地球聯邦的量子電腦“瑪利亞”對他發生了興趣。 
在地球聯邦出現毀滅征兆之際，那由他也被送往危險的禁區，開始了探索未來的放逐之旅。在那裡，他將遭遇改變他，和整個地球命運zui強大的滅亡力量…… 

這本書是作者所寫“明日滅亡三部曲”的完結篇，凡是讀過《天啟爆炸》及《地球覺醒》兩書的人，都已知道張草先生在科幻小說界，不僅是今日的新秀，其實已是能手和高手。
雖以科幻的筆觸，創造人物、描寫景像、敘述故事，萬分精彩，也總會提醒讀者，幻化是無常的，所以稱為“明日滅亡三部曲”。特別是在《末日涅槃》之中，非常熟練地引用了不少佛學的知識和觀點，也可以說，這是一部寓佛學的小說。
——聖嚴法師 推薦序
“
將感情置諸全宇宙的生命上，在將心胸擴張得那麼大之後，便會對生命的生滅深感不可思議。我將三部曲一部比一部擴大，試圖挑戰讀者的極限。
——張草

三部曲很自然地將霍金的"膜"的觀念以及佛家的觀念融合在一起，而讓人驚奇的是張草對古今令人費解的時空觀念詮釋得非常完整，在讀完三部曲後，能夠很完整地接收到他想要告訴讀者的時空觀念。
——讀者評論

序章?死海
米雪爾／羅得／近地軌道／所多瑪

一章?怪物
哈山／胚胎／爸爸／安妮／會面／瑪利亞／父母

第二章?正思
廣化寺／無名者／證因寺／夜訪／明月／名字／定業

第三章?那由他
危機／靈山／一主席／重創／羅漢／放逐／出發／告別

中場一
地球聯邦歷史課本／大空白

第四章?禁區
沙洋／橘色／南方／預言／雲南／同伴／奶蜜

第五章?雞足山
天竺／三峰／夜襲／大迦葉／空行者

中場二
彌勒／白蓮教

第六章?撒馬羅賓
蓮花／沃月／末法／殺人者／智者／威脅／大胡子

第七章?雪浪
消息／長老／聖者／線索／蛻／地圖／歸程

第八章?因陀羅網
半島／一因／泰約／蘇／暴雨／末日／終站

尾聲

哈山 
哈山—ε9800知道很多事，但他不打算告訴任何人。 
比如說，他記得婆羅門—α51是怎麼死的。 
婆羅門—α51曾經是「地球人口研究中心」主任，但某日上午，一批穿著藍色制服的清潔隊員闖了進來，宣布要將他抹除，從此，婆羅門—α51便從研究中心和所有的檔案紀錄上消失了。 
但記憶不會消失。 
哈山—ε9800還記得更多。 
婆羅門—α51被清潔隊員帶到研究中心休息室，然後被綁在一張椅子上。高大黝黑的他一點也不反抗，似乎對所遭遇的一切感到理所當然，隻淡淡的向清潔隊員問說：「所以，終我是因為哪一條罪名而死呢？」 
清潔隊員的臉龐像是被冰凍過一般，隻管忙碌手上的事務，將藥液抽入針筒，把婆羅門—α51的衣袖卷起。 
哈山—ε9800之所以會目睹這一幕，因為他正好爬到休息室的床底下找東西。那是一份實驗數據，一份他花了三年時間追蹤研究的實驗數據。他不知該說是幸福好還是不幸好，不幸的是他正好也在休息室，幸福的是他們並沒有發現他，休息室有許多隱密的櫥櫃和床鋪，清潔隊不該挑這個地方來行刑的。 
接著，哈山—ε9800看到了一件很不可思議的事，清潔隊員們紛紛兩手抱拳，低首念念有詞，念了約莫一分鐘後，隨即齊聲發出一聲嘆息：「願神憐恩！」這句話是用聯邦語說的。 
這簡單的一句話令哈山—ε9800大受震撼，他不敢相信，這句話竟然會出自劊子手般的清潔隊員口中， 
那不是「宗教」嗎？ 
那種原始人類的愚痴信仰，那種在小學課本中被責為過去無盡戰亂之因的迷信行為，怎麼會在這個地球聯邦的重要團體中出現呢？ 
被綁在椅子上的婆羅門—α51安靜地讓他們念誦完畢，纔說：「我的兒子也被你們殺了嗎？」這是他後的一句話。 
婆羅門—α51死得很迅速，椅子上很快便隻癱了一具肉袋。 
清潔隊員陸續為婆羅門—α51檢查、診斷，再在一張單子上填寫完畢以後，纔魚貫離去。 
哈山—ε9800知道他們還會再回來一趟，他們應該會回來收拾尸體，何況他從床底下可以看見門縫外，清潔隊員並未走遠，他們隻是站到門外走廊去，靜悄悄地不知忙些什麼。 
他在床底下屏著息，等了幾分鐘，清潔隊員纔又再進來，將婆羅門—α51的尸體帶走。他知道，地球聯邦資源奇缺，主任的尸體會馬上被送去回收，重新轉化為能源。 
一個人消失之後，他便成了一個禁忌，通常都沒有人再提起他的名字或任何事跡，彷佛從來不曾存在過一般。大家都知道，地球聯邦無所不在，任何人的一言一行都在監控之中。 
即便如此，一個曾經存在過的人，是不可能在瞬間消失得干干淨淨的，尤其是像婆羅門—α51這樣的好人。他身為主任，但當他對下屬說話時，總是像慈父般溫和親切，沒有人可能忘得了這樣一位好人。 
後來他聽到了一些耳語，是有關婆羅門—α51的死因的，他們說他操作胚胎時隱瞞問題，知情不報。 
哈山—ε9800聽了之後有些訝異，他不知道這會是死罪，於是還特地去翻查研究中心的規則手冊，他可不想死得像婆羅門—α51一樣。 
婆羅門—α51死在他面前的陰影一直揮之不去。 
他活得戰戰兢兢，生怕發生任何一點小過失，他還不時朝天花板高呼「地球聯邦萬歲」，好證明他的忠誠度。 
或許是因為他的強烈表現，為他換來了一份重要的任務。 
他被任命為「三位一體計劃」的執行長。