法律適用問題是WTO爭端解決機制中懸而未決的“疑難雜癥”之一。作為一個繫統性的問題，任何一個司法機制中的法律適用都涉及了一繫列的具體制度安排、實踐運作以及背後的法律理念，具備“準司法性”的WTO爭端解決機制也不能獨善。研究WTO爭端解決機制的法律適用問題，必須對作為一個整體的，包括具體制度安排與發展、實踐運作以及背後的法律理念的wTO司法機制法律適用問題進行研究。
《WTO司法體制法律適用問題研究》在肯定WTO爭端解決機制的司法性質的基礎之上，首先分析了有關該問題的兩大學說：自足說和開放說。自足說強調WTO專家組和上訴機構適用WTO涵蓋協議，而開放說則主張一般國際法規則可以在WTO司法體制中獲得適用。在簡要介紹了兩大學說的主要學術觀點後，《WTO司法體制法律適用問題研究》分析了兩派學說之間的）中突實質，認為兩種學說的分歧實質上是對WTO法律體繫屬性的不同看法，由此對法律適用產生了不同的看法。實際上，兩派學說均未解決兩個問題：一，法律淵源與法律適用兩個概念並不完全等同。在一個司法體制中，或者說，在代表一個法律體繫的司法體制中，該法律體繫的法律淵源與該司法體制所適用的法律並不是完全等同。第二，該司法體制適用的法律是否僅僅局限於實體法的適用問題，是否應該包括程序法的適用問題。實際上，程序法律規範一樣涉及當事方之間的權利義務關繫，兩派學說的爭論帶有一定“偽爭論”的色彩。首先，兩派學者並沒有對“自給自足”這個術語給予清晰的界定；其次，對“法律淵源”一詞各持己見，甚至出現了所謂的WTO法的嚴格淵源、廣泛淵源、解釋性淵源等生造詞彙，而且從法律適用的角度去給法律淵源下定義，本末倒置；再次，何謂法律適用也沒有明確界定，對出現在WTO司法體制中的各種帶有法律性質的素材、文件的身份無法給予準確的定位，導致法律解釋和法律適用兩個概念反復混用。
