本書在總體結構上分為三部分：第一部分為方法論，介紹新制度經濟學的基礎理論，包括交易費用理論、產權理論和契約理論;第二部分為微觀理論，基於第一部分的方法論原理研究企業、國家、法律等具體的制度安排;第三部分為宏觀和動態理論，具體討論制度變遷的基本原理及動態過程。
第一部分的方法論，首先從資源配置問題切入，引出 “制度重要”命題和交易費用分析方法，明確交易為經濟關繫的基本單位以及實現資源配置的基本手段，確定交易費用分析法為討論資源配置效率的基本分析方法;其次運用交易費用分析方法，從 “外部性”問題入手，引出產權的基本概念，糾正新古典經濟學的誤解，將資源配置原則的適用對像確定為產權，再進一步討論什麼樣的產權安排能夠節約交易費用，使資源配置達到 “效率標準”;*後以契約理論來分析契約的談判、簽訂和執行過程，介紹交易費用學派與產權學派對交易過程和資源配置過程的分析。
第二部分的微觀理論，將新制度經濟學的上述方法論原理應用於企業、國家和法律等具體的制度安排。關於企業，通過科斯提出的企業與市場之間的替代關繫問題引出關於企業性質的討論，介紹交易費用學派與產權學派對企業交易功能和生產功能的分析，進而展開關於企業擴張和縱向一體化的分析;在明確了企業基本性質和基本功能的基礎上，進一步深入企業內部分析其 “委托—代理”問題，探討什麼樣的制度安排可以實現企業內部*優的資源配置結果和*佳的公司治理效果。關於國家，首先通過比較和綜合 “暴力論”與“契約論”兩種關於國家起源和功能的基本理論，明確國家的本質屬性並分析國家的基本作用;在明確了國家本質和作用的基礎上，進一步深入國家機器的內部，分析 “代議制”等具體制度條件下的國內和國際政治交易，探討國內民主制與國際政治關繫的*佳產權安排。關於法律，首先介紹法經濟學的基本流派和基本方法，再展開對部門法的具體分析，探討侵權等行為的經濟學邏輯，*後從節約交易費用和提高資源配置效率的角度就法律的基本問題作出判斷。
第三部分的宏觀和動態理論，首先明確制度變遷的基本原理，通過討論制度供求均衡的變化來探討制度變遷的具體方式，引入經濟學演化分析和演化經濟學的研究方法探討制度變遷的動態過程，然後討論制度變遷與經濟增長的相互關繫，介紹制度分析在經濟史領域的應用。
此外，需要強調的是，除了結構和邏輯上的不足，新制度經濟學在思想傾向上的問題更值得關注。新制度經濟學深受奧地利學派影響，並興起於崇尚自由主義的芝加哥大學，在思想上具有非常明顯的自由主義傾向和意識形態偏見，是 “新自由主義經濟學”的典型代表。這一點在新制度經濟學的相關理論上體現得非常明顯，如僅局限於私有產權範圍來認識產權問題、對市場手段過於崇拜、排斥公共行為和政府監管以及 “盲目自由化”傾向等問題都普遍地存於新制度經濟學的各部分內容之中。對於這些問題，本書也從邏輯和思想上進行了必要的辨別與澄清。
