●卷之上
一集
十干紀運之圖
地支六氣之圖
子午年司天客氣加主氣圖
丑未年司天客氣加主氣圖
寅申年司天客氣加主氣圖
卯酉年司天主氣加客氣圖
辰戌年司天客氣加主氣圖
巳亥年司天客氣加主氣圖
六十年五運六氣加臨之圖
運氣加臨脈候寸尺不應之圖
五運六氣主病加臨轉移之圖
運氣病機
木運太過不及病機藥宜
火運太過不及病機藥宜
土運太過不及病機藥宜
金運太過不及病機藥宜
水運太過不及病機藥宜
厥陰司天在泉主客勝復病機補瀉定局
少陰司天在泉主客勝復病機補瀉定局
太陰司天在泉主客勝復病機補瀉定局
少陽司天在泉主客勝復病機補瀉定局
陽明司天在泉主客勝復病機補瀉定局
太陽司天在泉主客勝復病機補瀉定局
二集
手太陰肺經
手太陰肺經補瀉溫涼報使引經藥性
手陽明大腸經
手陽明大腸經補瀉溫涼報使引經藥性
足陽明胃經
足陽明胃經補瀉溫涼報使引經藥性
足太陰脾經
足太陰脾經補瀉溫涼報使引經藥性
手少陰心經
手少陰心經補瀉溫涼報使引經藥性
手太陽小腸經
手太陽小腸經補瀉溫涼報使引經藥性
足太陽膀胱經
足太陽膀胱經補瀉溫涼報使引經藥性
足少陰腎經
足少陰腎經補瀉溫涼報使引經藥性
手厥陰心包絡經
手厥陰心包絡經補瀉溫涼報使引經藥性
手少陽三焦經
手少陽三焦經補瀉溫涼報使引經藥性
足少陽膽經
足少陽膽經補瀉溫涼報使引經藥性
足厥陰肝經
足厥陰肝經補瀉溫涼報使引經藥性
三集
治風門
行氣開表藥凡二十四種
祛風化痰藥凡十五種
清熱潤燥藥凡二十五種
主治各經風藥
治熱門
治上焦熱藥凡十六
治中焦熱藥凡二十種
治下焦熱藥凡十九種
主治各經熱藥
骨肉分癆瘵發熱主治藥
治濕門
補氣除濕藥凡六種
調中消導藥凡二十種
行濕利大小便藥凡二十三種
散濕風門藥凡十三種
主治各經濕藥
治燥門
解熱生津藥凡二十九種
滋血潤燥藥凡二十一種
主治各經燥藥
治寒門
治上焦寒藥凡九種
治中焦寒藥凡三十種
治下焦寒藥凡十四種
主治各經寒藥
治氣門
補氣清氣溫涼藥凡四十五種
溫氣快氣辛熱藥凡十九種
行氣散氣降氣藥凡四十二種
破氣消積氣藥凡十四種
治血門
補血溫血屬陽藥凡十種
補血生血屬陰藥凡二十九種
涼血止血行血藥凡六十四種
破血消積血藥凡三十二種
治痰門
治熱痰虛痰藥凡二十七種
治濕痰行痰藥凡十五種
治寒痰風痰藥凡十六種
消克痰積藥凡十四種
治瘡門
瀉火解熱藥凡三十五種
行氣開滯辛溫藥凡三十九種
活血行血藥凡四十二種
解毒攻毒藥凡一百四十五種
治毒門
解毒藥凡八十種
解毒兼治邪藥凡四十種
治邪藥凡四十二種
婦人門
補虛調經安胎藥凡四十一種
理產和血行氣藥凡四十五種
攻克血積藥凡十六種
小兒門
治脾病補虛疳瀉藥凡三十二種
治肝病風熱驚痫藥凡四十四種
治瘡毒藥凡二十種
卷之下
一集
諸品藥性陰陽論
溫性藥品凡八十五種
熱性藥品凡十一種
平性藥品凡五十九種
涼性藥品凡二十九種
寒性藥品凡七十八種
諸水
二集
食治門
米谷類凡二十一條
菜蔬類凡二十八條
果品類凡二十一條
走獸類凡十五條
飛禽類凡二十條
蟲魚類凡二十六條
三集
十二經水火分治歌
五髒苦欲補瀉藥味
用藥升降浮沉補瀉法
升降者天地之氣交
標本陰陽論
五方之正氣味
治方之法
七方
十劑
治法綱要
論出產擇地土
論收采按時月
藏留防耗壞
貿易辯真假
咀片分根梢
制造資水火
治療用氣味
藥劑別君臣
四氣
五味
七情
五用
東垣隨證治病藥品
東垣用藥凡例
題本草真詮跋
校注後記

《本草真詮》為明·楊崇魁撰，成書於萬歷三十1602年）。本書共二卷，每卷各分為三集。卷上一集討論五運六氣學說，主要摘取《素問》七篇大論相關內容，類聚成篇，並用圖解說明之；二集討論經絡，以歌訣形式介紹十二經絡循行走向、是動所生疾病，及補瀉溫涼報使引經藥性，並附十二經絡圖；三集討論藥性分類，列風、熱、濕、燥、寒、氣、血、痰、瘡、毒、婦人、小兒十二門，共載藥1231種（包括重復藥物）。卷下一集首列諸品藥性陰陽論，繼分溫、熱、平、涼、寒五類，每類藥略述其畏惡、性味、歸經、功效、主治等，最後介紹了諸水之應用；二集為“食治門”，分為米谷、菜蔬、果品、走獸、飛禽、蟲魚六類，收藥141種，以歌訣加注形式，分別介紹其功效主治；三集為用藥雜論，主要醫家及本草序例中的相關內容，論述中醫辨證用藥必須注意的問題。本次以萬歷三十1602年）建邑餘良進怡慶堂刻本為底本進行校注整理