●一、古菌(Archaea)
●二、細菌(Bacteria)
●三、放線菌(Actinomycets)
●四、酵母菌(Yeasts)
●五、絲狀真菌(Filamentous Fungi)
●六、大型真菌( shroom)
●七、叢枝菌根真菌(Arbuscular Mycorrhizal Fungi)
●附錄Ⅰ：培養基(Media)
●附錄Ⅱ：菌種拉丁學名索引
●附錄Ⅲ：菌株編號索引

微生物豐富的生物多樣性，為揭示各種生命現像提供了豐富多樣的研究材料，同時也為各種現代生物技術和產品的研發提供了可能，包括對微生物新基因、新酶和蛋白質、新的代謝產物的研究，如當前全世界轉基因種植面積的90％以上作物中所用的基因資源來源於農業微生物，如bt基因和抗草甘膦基因。農業微生物資源的研究與應用貫穿著整個農業的生產過程，如獲取農業微生物基因的抗逆育種、植物病原微生物流行溯源監測、生物防治、微生物農藥、土壤微生態環境調控治理、微生物肥料、微生物飼料、微生物發酵食品、微生物能源、食用菌栽培等，農業微生物資源研究與產業應用在繫統解決上述問題和促進農業產業結構轉化以及農民增收方面具有積極的推動作用。