相對舊的事業單位財務制度，新的事業單位財務制度在會計科目的設置、會計核算方法及核算內容等方面都做了較大的改革，概括來講主要是解決了舊制度中存在的部分問題，更加強調財務核算與實際和現行的財務政策相結合，比如，新制度規定，事業單位實行核定收支，定額或者定項補助，超支不補，結轉和結餘按規定使用的預算管理辦法；要求事業單位應當將各項收入與支出全部納入單位預算，實行“一個單位一本預算”，統一核算，統一管理，使事業單位收支管理更加全面完整，其中，單位的支出將劃分為基本支出和項目支出兩部分，對基本支出預算采取定員定額的方法編制，對項目支出預算按照項目管理的規定編制；從基層預算單位開始編制預算，使預算編制細化到具體項目上。這些變化使得新的事業單位財務規則及會計制度更加符合當前的情況，能夠更好地為事業單位管理服務。
