●第一章 定量構效關繫(QSAR)
一、實驗目的
二、實驗要求
三、實驗原理
1 比較分子力場分析方法(CoMFA)
2 比較分子相似性指數分析方法(CoMSIA)
四、實驗內容
1 背景介紹
2 實驗操作
【參考文獻】
第二章 藥效團模型
一、實驗目的
二、實驗要求
三、實驗原理
1 藥效團特征的種類
2 藥效團模型的構建
3 基於藥效團模型藥物設計方法的應用
四、實驗內容
1 背景介紹
2 實驗操作
【參考文獻】
第三章 結構優化
一、實驗目的
二、實驗要求
三、實驗原理
四、實驗內容
1 構建化合物並優化結構
2 保證水分子的C2v點群
3 保證Ge6的Oh對稱性計算
4 同分異構體的單點能計算
5 靜電勢表面ESP(Electrostatic potential surfaces)計算
6 觀察分子振動
7 預測紅外光譜和拉曼光譜
第四章 分子對接
一、實驗目的
二、實驗要求
三、實驗原理
四、實驗內容
1 LibDock對接方法及蛋白-配體相互作用的打分評價
2 CDOCKER和對接姿態分析
3 SYBYL軟件的分子對接模塊Surflex-Dock
4 MOE軟件的分子對接模塊Dock
5 總結
【參考文獻】
第五章 分子動力學模擬
一、實驗目的
二、實驗要求
三、實驗原理
四、實驗內容
1 普瑞巴林的溶劑化模型及分子動力學模擬
2 MDM2-抑制劑復合物的分子動力學模擬
【參考文獻】

本書共五章：第一章介紹定量構效關繫，並針對選擇性環氧合酶抑制劑開展三維定量構效關繫研究實驗。第二章以表皮生長因子受體酪氨酸激酶抑制劑為例，對基於藥效團模型虛擬篩選進行詳細講解。第三章由七個獨立子實驗組成，內容涵蓋點群計算、單電能計算、靜電勢表面計算等。第四章分子對接，集中講解了四種常用對接方法的實驗操作。第五章以“普瑞巴林”和“MDM2—抑制劑復合物”為研究對像，對分子動力學模擬實驗操作進行講解。