在由科學實驗事故導致文明崩塌的廢土上,人類的身體發生了不可逆的畸變,人口減少大半。幸存者受到畸變影響,分化成兩個種族:身體與機械結合的“械人”,身體與動物基因混合的“獸靈”。隨著時間推移,兩個種族的文化差異逐漸加大,分別在廢土上發展出自己的信仰,但矛盾也逐漸升級,引發衝突不斷。黑瞳石與同伴們進入裂谷後不慎在迷霧中走散,他在尋找同伴的過程中救下了小獸靈彌彌,並準備借助彌彌和裂谷中其他獸靈的幫助和同伴們相聚。但黑瞳石和同伴們正迷路時,分別遇上了重傷鬼麝後闖入裂谷的黑崎八侍替補,並從他們口中得知了鬼麝生命垂危的消息……