●科學
心中有道義，腦中有科學
科學是美麗的
告訴我為什麼
什麼是科學精神？
科學研究是這麼做的
賽先生從西方來
科學與自由的交融
科學與宗教能夠調和嗎？
科學不該寬容
對迷信的本能欲求
半穹頂的不同故事
復活節島的悲劇
眼見未必為實
直覺是靠不住的
假設與求證
相關與因果
預測假像與騙局
別忘了設對照
沒有設計者的世界
何必為進化絕望
宇宙與生命的沉思
天生並不都是基因決定的
像沙堆一樣崩塌
野火燒不盡
世界是如此的小
你要當鴿派還是鷹派？
好人和騙子的博弈
為什麼說星相是迷信？
血型的科學與迷信
人性：多少基因多少環境
為什麼死後沒有靈魂？
世界末日什麼時候會來？
“穿越”時空為什麼不可能
……
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《方舟子自選集》作者的詩歌寫作並沒有因為這場風波而中斷，反而被刺激寫得更多，表達也更為隱晦。那自然都是不適合發表的很幼稚的習作。到1987年我上大三的時候纔寫出了在今天看了也不會覺得羞愧的詩作。大學時適逢校園詩潮，作者幾乎隻寫詩，更直接的思想表達則是寫在給朋友們的信中。當時還沒有電子郵件，每寫一封信都要鄭重其事、字斟句酌，其中有的也算得上是在寫隨筆，隻是寫的時候並沒有想到要發表。多年以後，翻看在1989-1990年間寫給朋友們的信，大為感慨，略作整理放到網上，作為那個時代的一個記錄。幾個月前這些信被人不懷好意地翻出來，在網上大肆傳播，不料卻感動了一批同時代的人。很多人正是因此纔知道，曾經還是個文學青年。
《方舟子自選集》作者當文學青年的時間不短，一直到30歲以後纔基本不再寫詩。詩歌對《方舟子自選集》作者來說是很私人化的東西，從未想以此成名，也就沒有發表的欲望，隻是偶爾會選出一些等