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食品微生物學（foodmicrobiology），是微生物學的分支學科，主要研究微生物與食品制造、保藏等方面內容的一門科學。該學科涉及病毒、細菌、真菌多種微生物，除研究這些微生物的一般生物學特性外，還探討它們與食品有關的特性。隨著微生物學及生命科學的迅速發展，食品微生物學也從中獲得了許多新的知識和新的技術，並應用這些新知識和新技術來生產更多富有營養和安全的食品。