《理氣溯源》一書為陳啟沅研究天文歷法、地理風水術的考究專著,包括《初集》與《二集》,《理氣溯源初集》是這部書的前半部分。書分六卷,具體內容包括卷一《地理提要辨謬》(對《黃帝宅經》《葬書》《天玉經》《撼龍經》《九星穴法》《天機素書》《八宅周書》《羅經解》《八門精義》《山洋指迷》《天文大成》《張宗道地理》《梅氏叢書》等65種涉及天文歷法、地理風水術的專著進行提要式的梳理及源流考辨,對每部書的大旨進行簡介),卷二、卷三《考原便覽》(從《河圖》《洛書》《先天八卦》),卷四《羅經管見並附圖圖考》,卷五《恆星黃道精度表(首附黃道恆星圖、推歷算法及算法三角遺術)》,卷六《利用合璧譜略》。卷一有總目、例言,每卷都有目錄。另外,除了卷三,每卷都有序。