《黃河400問》分為自然概況篇、歷史文化篇、社會經濟篇、治理開發篇、政策法規篇五個板塊，共400個題目。在編寫過程中，《黃河400問》沿用《黃河300問》一問一答的對話式結構，保留了諸如自然特征值、歷史知識等相對恆定的內容。同時，根據社會經濟等情況的動態變化，對原書內容作了較大幅度的增刪與重組。特別是為體現新時期全面依法治河的要求，專門增設了“政策法規”板塊。對保留的題目，或優化設問方式，或更新復核數據，或給出體現新時代特點的答案，作了不同程度的修改。值得說明的是，由於黃河下遊是有名的“地上懸河”，從水利專業概念上劃分，黃河下遊兩岸地區不屬於黃河流域，但事實上，古往今來這一地區與黃河休戚與共，密不可分。因此，遵照客觀求真的原則，《黃河400問》編寫也包括了下遊山東、河南及沿黃省（區）等相關內容。
