《仙劍奇俠傳三》故事發生在《仙劍》第一代的五十年前，那時候，李三思剛剛發出赤子的第一聲啼哭；巫後還是襁褓中的嬰兒，而劍聖，則還沒有拜入蜀山修仙。
事情的起因是從鎖妖塔頂端突然坍塌，封印被解除開始的，但是，更深層的因果卻要追溯到千年前的神界。神將軍飛蓬與魔將軍重樓因兩界的衝突而屢屢交手，一直難分勝負，兩人逐漸有惺惺相惜之意。重樓提出要和飛蓬在自己發現的一處新仙界中決鬥，一較高下，飛蓬礙於神界天規而猶豫再三，最終經不起重樓誘惑而答允。兩人勢均力敵，比試曠日持久，最終驚動了天庭，天帝派兵捉拿飛蓬問罪，飛蓬因感知到追兵將至而分心，佩劍被重樓打落人間而落敗。
光陰荏苒，飛蓬被神界問罪貶到人間，經過多次轉世成為渝州唐門新安當鋪伙計景天，渴望成為蜀山大俠。同時，重樓自魔界窺探人間，發現飛蓬的轉世如此卑微平凡，於是滋擾蜀山，毀壞鎖妖塔，拿到飛蓬在人間第一世——姜國太子龍陽鑄煉的魔劍。景天結識了唐門小姐雪見，重樓也尋到景天，向他發起挑戰，並將魔劍給予了景天，從此景天改變了自己的生活。一開始被卷入雪見家族的內部鬥爭以及唐門和霹靂堂的爭鬥之中，而後遇到蜀山大弟子長卿及其未婚妻紫萱，一直隱藏在魔劍中的鬼魂也化身而出，竟然是景天前世龍陽的妹妹龍葵
眾人走上了協助蜀山尋找五靈珠，封印鎖妖塔的漫漫征途。在這個過程中，眾人互相扶持，患難與共，歷經重重磨難，終於獲得五靈珠，戰勝了邪劍仙，維護了人間的和平。